Single-cell RNA-seq -koulutus kerää kiitosta osallistujilta
CSC on järjestänyt viime vuosina useita koulutuksia liittyen single-cell RNA-sequencingiin, jossa voidaan hyödyntää suurteholaskennan mahdollisuuksia. Koulutuksissa analyysin pohjana on joko R-ohjelmointikieli tai CSC:n oma Chipster-data-analyysialusta. Chipster on CSC:llä kehitetty käyttäjäystävällinen työkalu, jota voidaan käyttää muun muassa sekvensointidatan analysointiin.
Koulutuksen aikana osallistujat pääsevät tutustumaan single-cell-datan analyysin eri vaiheisiin ja menetelmiin. Konkreettisia opiskeltavia asioita ovat muun muassa datan laadun arviointi, solujen klusterointi, sekä solutyyppien ja erilailla ekspressoituneiden geenien tunnistaminen.
Suosittua koulutusta järjestetään vaihtelevin tavoin
Koulutukset ovat olleet vuodesta toiseen erittäin suosittuja, ja ne ovat saaneet hyvää palautetta niin opettajien ammattitaidosta kuin sisältöjen hyödyllisyydestäkin. ”Mielestäni kurssi oli hyvin järjestetty ja luennoitsijat olivat todella päteviä ja asiantuntevia”, toteaa syksyn 2022 kurssin osallistuja.
Koulutuksia on toteutettu niin paikan päällä CSC:n Espoon koulutustiloissa kuin täysin etänäkin. Koulutusta on järjestetty niin yhden päivän mittaisina koulutustilaisuuksina kuin useammalle päivälle jaettuina lyhyempinä osioinakin. Koulutuksen järjestelyt vaihtelevat vuosittain riippuen koulutuksen ajankohdasta ja koulutettavien tarpeista. Etätoteutus on saanut erityiskiitosta onnistumisesta. ”Luennoitsijat olivat todella hyviä”, antoi eräs kevään 2023 osallistuja palautetta. ”Järjestelyt toimivat hyvin, etätoteutuksesta huolimatta!”, totesi toinen saman koulutuksen osallistuja.
Mielestäni kurssi oli hyvin järjestetty ja luennoitsijat olivat todella päteviä ja asiantuntevia
Kurssin osallistuja, syksy 2022
Ennakkomateriaalit valmistavat koulutukseen
Koulutuksessa aiheita on paljon, jonka vuoksi osallistujia kehotetaankin tutustumaan etukäteismateriaaleihin ennen koulutuksen alkua. Näin varmistetaan, että koulutuksessa pystytään keskittymään käytännön harjoituksiin ja osallistujat saavat koulutuksesta mahdollisimman paljon irti. Tämä käytäntö sai myös kevään 2023 koulutuksen osallistujilta kiitosta: “Ennakkomateriaalit olivat hyödyllisiä luentojen kannalta. Opin paljon ja sain sen, mitä tulin hakemaankin eli ymmärrän nyt scRNA seq:n workflowta ja voin alkaa hyödyntää sitä työssäni.”
R-koulutuksessa on ennakkomateriaalien lisäksi tietyt osaamisvaatimukset, jotka liittyvät lähinnä R-kielen perusteiden hallintaan. Chipster-toteutuksessa tällaisia ennakkovaatimuksia ei ole, ja kevään 2023 osallistujat kokivatkin Chipster-koulutuksen olevan tasoltaan sopiva myös vähäisemmälläkin pohjatiedolla osallistuville: ”Erinomainen kurssi aloittelijoille!”, summasi eräs osallistujista palautteessaan.
Syksyn 2022 koulutukset
- R:llä toteutettu koulutus sai kokonaisarvosanan 8,5.
- Chipster-koulutus sai kokonaisarvosanan 9,7/10, ja yli 90% osallistujista suosittelisi koulutusta kollegoilleeen.